by Sondra Turjeman

What

ATLAS (Advanced Tracking and Localization of Animals in real-life Systems: this and this) workshops on (1) movement data handling and filtration and (2) relevant movement models.

Who

Emmanuel Lourie, Sivan Margalit, and Dr. Yotam Orchan from Prof Ran Nathan’s Movement Ecology Lab and the Minerva Center for Movement Ecology, with CIDR’s Yuli Slavutsky

Why

Because for some ecologists, particularly those seasoned in field work, analysis of big data can be overwhelming.  For those with modeling experience, a discussion of available techniques, best analysis practices, and common pitfalls is always relevant. Further, these workshops facilitate cross-research-group discussions and collaborative projects.

Fast stats

Workshop Participants Labs Countries
1. Data preparation 36 8 Israel, Netherlands, UK, Germany
2. Analysis and modeling 42 9 Israel, Netherlands, UK, China

Tell me more

The first ATLAS workshop dealt with the technical side of preparing movement data before analysis. Participants were walked through two stand-alone tutorials to guide them in different filtering methods, evaluating different data-cleaning decisions and, finally, calculating various movement metrics. Following the tutorials was a lecture by Pratik Gupte (from Allert Bijleveld’s Lab) about the ATLAS system in the Netherlands and a discussion about code sharing between ATLAS users. This lively discussion was a workshop highlight!

The second ATLAS workshop focused on the theoretical and practical side of movement data analyses with presentations by movement ecologists who use a diverse set of analysis tools from network building to clustering to hypothesis testing using null movement models. A lot of focus was given to how to build an ecologically relevant null model, and examples were given from studies of birds, reptiles, fish, and mammals.

From these workshops came the motivation to work on a collaborative paper led by Pratik that will address advanced methodologies for dealing with high-throughput movement data (comparing different methods from various tracking systems). In addition, the paper will discuss dealing with noisy ATLAS data.

Recordings of the workshops are available from Yotam: yotam.orchan (at) mail.huji.ac.il.

הפריה חוץ־גופית: הערכת איכות עוברים לפני החזרתם לרחם – מעבדת בוקסבוים למכאנוביולוגיה תאית וביופיסיקה של תאי גזע וגרעינים

לפחות אחד מתוך 25 תינוקות בישראל הוא תינוק מבחנה, אך עדיין אין ברשותנו אמצעים מדויקים להערכת איכות העובר טרם השתלת הביצית המופרית ברחם. לכן, מקובל להשתיל מספר עוברים על מנת להגדיל את סיכויי לקליטת היריון מוצלח, אולם כתוצאה מכך גדל גם הסיכוי להריון מרובה עוברים. מטרת הפרויקט הנוכחי היא לצפות מראש לאילו עוברים הסיכוי הטוב ביותר להוביל להריון מוצלח עוד בטרם השתלתם ברחם, באמצעות ניתוח מאגר נתונים של למעלה מ-70,000 עוברים. למידע נוסף, המשיכו לקרוא כאן, או בקרו באתר מעבדת בוקסבוים ובמאגר Nanshe Database.

התנהגות שיחור מזון חברתית – מעבדת האקולוגיה של התנועה של פרופ' רן נתן

עטלף הפירות המצרי משחק תפקיד מפתח בהפצת זרעים של מגוון צמחים, לרבות מינים פולשניים. עטלפי פירות ידועים בתור מין חברתי ביותר, אולם דפוסי שיחור המזון שלהם נותרו עד היום בגדר תעלומה, וכך גם ההתנהגויות החברתיות הנלוות לאותם דפוסים. חוקרים מקווים לשנות את כל זה באמצעות שימוש במכשירים איתור-מיקום ממוזערים ברזולוציה גובהה, שהוצמדו לאוכלוסיית עטלפים גדולה (כמעט מושבה שלמה) לצורך איסוף נתונים מדויקים על הרגלי התעופה, ההפצה והניווט שלהם. ניתוח הנתונים בראי תורת הגרפים יאפשר, כך מאמינים החוקרים, לחשוף את הרשת החברתית הפועלת מאחורי ההתנהגות המסתורית של העטלפים ולהגיע לתובנות משמעותיות שלא היו נגישות עד כה. כדי לדעת עוד, המשיכו לקרוא או בקרו באתר המעבדה ל אקולוגיה של התנועה (אנגלית).

Read More