Does your research involve data? Would you like to start getting into data science? We can help!

CIDR has a three-part mission, encapsulating the promise of data science:
(1) Advance the state-of-the-art of core research in data-science methodology, supporting a vibrant research community.
(2) Arm researchers throughout the university with tools to harness the power of data. Advance the dissemination of data-science methodology in scientific research through training programs and project support, transforming all fields and disciplines.
(3) Advance data-science collaborations between the Hebrew University, the public sector and industry to benefit the Israeli society.

Below you can find some of the ways we can help you:

Project support:
We have set up a data-science support lab, where core members of CIDR, together with a senior data engineer supervise part-time graduate students working closely on data-related projects across the university (see our projects page for featured projects). If you’re interested, please fill out our form.
Important: our goal is not to solve your problem for you, but to teach you (or someone from your group) how to solve it. We need to have someone from your side take ownership and work closely with us, preferably someone who took a basic programming class.

We offer lots of funding opportunities — see open calls.

If you are teaching a class: We offer support in exchange for opening existing classes to students from other departments.
If you are a student: See list of classes at HUJI. If you have very little (or no) background, consider taking our new self-paced class (limited space).

Workshops and bootcamps:
We plan short workshops and bootcamps on various data-science topics, in particular tools and methods. The target audience includes both students and faculty from across the university. Stay tuned and check out our events!

Infer, filter and enhance topological signals in single-cell data using spectral template matching

Single-cell RNA sequencing is a powerful technology that allows researchers to analyze gene expression in individual cells, providing insights into cellular processes and functions. However, analyzing this data can be challenging, as cells can simultaneously encode multiple, potentially cross-interfering, biological signals. A new computational method, scPrisma, was developed to address this challenge. scPrisma has the ability to uncover cellular spatiotemporal context and has the potential to drive further insights into cellular processes and functions, ultimately advancing our understanding of biology.

Read More

התנהגות שיחור מזון חברתית – מעבדת האקולוגיה של התנועה של פרופ' רן נתן

עטלף הפירות המצרי משחק תפקיד מפתח בהפצת זרעים של מגוון צמחים, לרבות מינים פולשניים. עטלפי פירות ידועים בתור מין חברתי ביותר, אולם דפוסי שיחור המזון שלהם נותרו עד היום בגדר תעלומה, וכך גם ההתנהגויות החברתיות הנלוות לאותם דפוסים. חוקרים מקווים לשנות את כל זה באמצעות שימוש במכשירים איתור-מיקום ממוזערים ברזולוציה גובהה, שהוצמדו לאוכלוסיית עטלפים גדולה (כמעט מושבה שלמה) לצורך איסוף נתונים מדויקים על הרגלי התעופה, ההפצה והניווט שלהם. ניתוח הנתונים בראי תורת הגרפים יאפשר, כך מאמינים החוקרים, לחשוף את הרשת החברתית הפועלת מאחורי ההתנהגות המסתורית של העטלפים ולהגיע לתובנות משמעותיות שלא היו נגישות עד כה. כדי לדעת עוד, המשיכו לקרוא או בקרו באתר המעבדה ל אקולוגיה של התנועה (אנגלית).

Read More

הפריה חוץ־גופית: הערכת איכות עוברים לפני החזרתם לרחם – מעבדת בוקסבוים למכאנוביולוגיה תאית וביופיסיקה של תאי גזע וגרעינים

לפחות אחד מתוך 25 תינוקות בישראל הוא תינוק מבחנה, אך עדיין אין ברשותנו אמצעים מדויקים להערכת איכות העובר טרם השתלת הביצית המופרית ברחם. לכן, מקובל להשתיל מספר עוברים על מנת להגדיל את סיכויי לקליטת היריון מוצלח, אולם כתוצאה מכך גדל גם הסיכוי להריון מרובה עוברים. מטרת הפרויקט הנוכחי היא לצפות מראש לאילו עוברים הסיכוי הטוב ביותר להוביל להריון מוצלח עוד בטרם השתלתם ברחם, באמצעות ניתוח מאגר נתונים של למעלה מ-70,000 עוברים. למידע נוסף, המשיכו לקרוא כאן, או בקרו באתר מעבדת בוקסבוים ובמאגר Nanshe Database.